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Este estudo integra dados multi-ômicos do córtex pré-frontal dorsolateral para revelar que a desregulação metabólica na Doença de Alzheimer é caracterizada por uma supressão coordenada das vias de produção de energia, como o ciclo de Krebs e a fosforilação oxidativa, impulsionada pela redução da abundância enzimática e efeitos alostéricos inibitórios.
O artigo apresenta o TwinCell, um modelo causal de células de grande escala que, ao integrar dados de perturbação in vitro com um interactoma biológico, identifica alvos terapêuticos generalizáveis e mecanicamente interpretáveis para diversas doenças, superando métodos existentes e validando-se em cenários clínicos sem supervisão específica.
Este estudo do consórcio MoTrPAC caracteriza a resposta multi-ômica integrada do músculo esquelético humano ao exercício de endurance e resistência, revelando dinâmicas temporais distintas onde alterações epigenéticas, de fosfoproteoma e metaboloma precedem as do transcriptoma e proteoma, identificando hubs regulatórios centrais e assinaturas moleculares específicas para cada modalidade.
Este estudo identifica a ribosídeo de ácido nicotínico (NaR) como um metabólito circulante controlado pelo relógio hepático que, ao interagir com o complexo prefoldina, regula a resposta a proteínas mal dobradas e a adipogênese de maneira dependente do tempo, conectando assim a sinalização metabólica circadiana sistêmica à fisiologia do tecido adiposo.
O estudo apresenta o dAMN, um modelo híbrido neural-mecanicista que integra redes neurais e análise de balanço de fluxo dinâmico em escala genômica para prever com alta precisão as curvas de crescimento bacteriano e a dinâmica de depleção de substratos em diversos ambientes nutricionais, superando as limitações de modelos tradicionais ao incluir a fase de latência.
O consórcio MoTrPAC demonstrou que o exercício agudo e crônico (de endurance e resistência) induz respostas fisiológicas e metabólicas distintas e bem-sucedidas em participantes saudáveis, estabelecendo uma base robusta para investigar os mecanismos moleculares dos benefícios do exercício à saúde.
Este artigo apresenta o uso da Estimação Neural do Posterior para inferir parâmetros em modelos estocásticos de migração celular, superando as limitações dos métodos tradicionais ao permitir a calibração direta de dados brutos ou resumidos sem a necessidade de aproximações de verossimilhança ou especificação de modelos de ruído.
Este estudo desenvolveu um pipeline integrativo de multi-ômicas e multi-trait para priorizar genes regulatórios e mecanismos associados à progressão da doença hepática gordurosa associada à disfunção metabólica (MASLD), validando experimentalmente o papel do gene MLIP e disponibilizando os resultados em um portal interativo.
Este estudo demonstra que o envelhecimento renal compromete a renovação da matriz extracelular, principalmente devido à redução da degradação de proteínas da membrana basal e do colágeno fibrilar, resultando em fibrose associada a alterações na acessibilidade proteolítica e nas interações matriciais.
Este estudo compara três métodos computacionais para inferir o metabolismo a partir de dados de transcriptômica de células únicas em glioblastoma, revelando que os macrófagos associados ao tumor são metabolicamente dominantes e apresentam um controle transcricional coordenado do metabolismo lipídico e fluxos de biossíntese que podem sustentar as células malignas, destacando-os como um alvo terapêutico promissor.
Este artigo propõe uma taxonomia para classificar as discrepâncias entre ferramentas de controle de redes booleanas, desenvolve um quadro comparativo e uma nova métrica de pontuação de co-ocorrência de mutações para priorizar alvos terapêuticos, demonstrando que previsões baseadas em ensembles de múltiplas ferramentas oferecem resultados mais confiáveis.
Este estudo demonstra que a história de estresse prévio induz um estado transitório de tolerância em células bacterianas durante a ressuscitação, o que as torna mais resistentes aos betalactâmicos e pode ser o principal motor do recrudescimento populacional sob regimes de dosagem subótimos.
O estudo demonstra que os coreceptores do sistema de sinalização TGFβ atuam predominantemente como inibidores que modulam a competição entre ligantes, permitindo que as células alterem dinamicamente a paisagem de sinalização ativa através da expressão variável de um único gene.
Este artigo propõe a Teoria da Morfogênese Generalizada (GMT), um modelo de fluxo-inércia que unifica a dinâmica de estruturas dissipativas em diferentes escalas, desde o crescimento de culturas até a transcriptômica molecular, validando sua capacidade de descrever padrões recorrentes e transições de regime em sistemas complexos.
Este artigo reformula matematicamente métodos de redes de amostra única para revelar um compromisso crítico entre precisão e especificidade, destacando que o método LIONESS oferece um equilíbrio superior ao combinar alta precisão com boa especificidade, e propondo a criação de um quadro metodológico comum para melhorar a inferência de redes biológicas específicas de cada amostra.
O artigo apresenta o AOPGraphExplorer 2.0, uma plataforma interativa baseada em grafos que integra anotações mecanísticas de múltiplos domínios e recursos de conhecimento biomédico externos ao AOP-Wiki, facilitando a visualização, análise e exploração de redes de Vias de Desfecho Adverso (AOP) para apoiar a tomada de decisão em toxicologia e avaliação de risco.
Utilizando um pipeline robótico e aprendizado de máquina em leveduras, este estudo mapeou o remodelamento espacial do proteoma durante o envelhecimento, revelando princípios biofísicos estruturais que determinam a estabilidade ou a desorganização das proteínas ao longo do tempo.
Este estudo utiliza proteômica espacial de célula única em leveduras para mapear como as alterações na localização e agregação de proteínas conectam mecanicamente as principais marcas do envelhecimento, revelando uma sequência hierárquica de falhas celulares que precede o declínio funcional e que é altamente conservada em humanos.
Este estudo demonstrou que a suplementação com vitamina D em doses altas mitigou os efeitos inflamatórios e de coagulação sanguínea induzidos pelo vapeamento em ratas fêmeas, além de reduzir os níveis de nicotina e cotinina.
Este estudo de coorte retrospectiva demonstra que, em receptores de transplante cardíaco, o aumento da idade está associado a uma menor probabilidade de rejeição do aloenxerto e a alterações transcriptômicas específicas nas células imunes circulantes, como o enriquecimento de subconjuntos de linfócitos T de memória e vias de imunossenescência, sugerindo a necessidade de uma abordagem de imunossupressão mais personalizada para essa população.